San Isidro murió en 1172 dejando un hecho prodigioso: la incorrupción de su cuerpo, que fue aceptado por el Tribunal de la Rota como uno de los mayores milagros obrados por el santo. Actualmente se conserva su cuerpo incorrupto en el altar mayor de la Real Colegiata de San Isidro de Madrid. Desde su exhumación en 1212 hasta nuestros días, se ha producido un largo proceso de traslados de lugares y arcas, procesiones y exposiciones a los fieles y con ocasión de visitas de Reyes.
Como se puede leer en el Códice de Juan Gil de Zamora, ahí se relata la exhumación del cuerpo de San Isidro, que aparece íntegro, incorrupto, sin daños y con su mortaja en buen estado y entera, cuarenta años después de su muerte, en una fecha que se ha situado en el 2 de abril del año 1212. El 16 de julio del mismo año se produjo la victoria de las tropas cristianas sobre los almohades en la batalla de las Navas de Tolosa. Quiere la tradición que el santo labrador se apareció vestido de pastor indicando a Alfonso VIII el camino para entraren combate, influyendo decisivamente en la victoria cristiana. A partir de este hecho, que dio origen a una polémica historiográfica en el siglo XVIII, se ha escrito que estando Alfonso VIII (1158 -1214) en Madrid, fue a visitar el cuerpo de San Isidro, reconociéndolo como ‘el Pastor de las Navas’, erigiendo una capilla al santo y donando un arca de madera para contener su cuerpo.
Las fuentes documentales ofrecen los siguientes datos sobre las arcas del santo. Hay que señalar que existen dos arcas simultáneas y complementarias: la exterior y la interior. Al narrar el Códice la exhumación del cuerpo, señala que fue colocado en el altar mayor de la iglesia de San Andrés, en una nueva tumba. Lo que Alfonso VIII pudo ofrecer al santo, fue, o bien un sepulcro exterior, probablemente de piedra, o bien un arca interior, de madera. El arca de madera con escenas de la vida del santo que hoy se conserva en la Catedral de la Almudena corresponde estilísticamente al tercer cuarto del siglo XIII, durante el reinado de Alfonso X (1252 – 1284).
En el año 1231 ante una gran sequía, sacan del arca exterior el cuerpo de San Isidro para colocarlo en un lugar de honor, suponemos que entro de un arca interior, que permanece abierta. Es entonces cuando el clérigo de Santa María – de la Almudena – corta unos cabellos del santo, que figuraron como reliquia en dicha iglesia. Treinta años más tarde es invocado nuevamente para pedir la lluvia, que al concederla es sacado el santo cuerpo de su tumba.
En 1266 San Isidro devuelve la vista a un clérigo de Madrid, restregándose los ojos con un trozo de lienzo que había sido cortado de la mortaja o sudario del santo, que periódicamente era sustituida como veremos probablemente por el interés que tenían las anteriores como reliquias. En 1275 señala el Códice una salida procesional, creemos que la primera, del cuerpo incorrupto del santo hasta la Basílica de Nuestra Señora de Atocha, pidiendo lluvia, que concede. En 1275 el año en el que acaba la relación de milagros del Códice y en torno a esta fecha debió realizarse la construcción del arca con los milagros de San Isidro, con el fin de sacarlo en procesión de forma digna y sin excesivo peso.
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