Esta casa debe su nombre al célebre cardenal Francisco Jiménez de Cisneros, el que fuera confesor de Isabel la Católica, Regente de Castilla en 1506 y de España en 1516, además de promotor de la Universidad de Alcalá de Henares.
Será Benito Jiménez de Cisneros, su sobrino, quien se encargue de la construcción de la residencia a la muerte del cardenal. Crea el mayorazgo de la casa con una serie de bienes en Ávila, Talavera y Uceda y designa una cantidad de ocho mil quinientos ducados para la edificación de la casa. En 1537 solicita al Concejo el permiso para su construcción. Lo obtiene, pero se ve obligado a vender algunos bienes patrimoniales para culminar la obra. Morirá antes de verla terminada, será su hijo quien la concluya y herede.
La Casa de Cisneros es de estilo plateresco en la fachada de la calle Sacramento, con detalles renacentistas en la puerta y las ventanas. En la fachada de la Plaza de la Villa se abría un portalón por el que se accedía a los corrales, cuadras, cocheras y dependencias de la servidumbre.
Apenas existen referencias de las transformaciones que se hicieron en la casa. Francisco de Cisneros y mendoza la vende al cardenal Arzobispo de Toledo y desde entonces no ha hecho más que cambiar de manos. Durante dos siglos pertenece a los condes de Oñate, manteniéndose así hasta 1909.
Será ocupada por diversas instituciones, como el Consejo Superior de Guerra o la embajada de Austria. Y también fijarán allí su residencia personajes tan relevantes como Pedro Rodríguez de Campomanes, el general Narváez o el Duque de Rivas.
En 1909 el Ayuntamiento de Madrid compra la Casa de Cisneros a los herederos de la condesa de Oñate, para ampliar la Casa de la Villa. El arquitecto Luis Bellido González dirigió las obras de reconstrucción y restauración del edificio tratándole de devolver el aspecto original. En 1915 construye un pasadizo sobre un arco, a través de la calle de Madrid, que une la Casa de la Villa y la de Cisneros. En 1939, el arquitecto Felipe Trigo Seco hizo unja nueva reforma del edificio y en 1984 Joaquín Roldán Pascual restaura el interior.
Más información en Guía de los Palacios y edificios singulares del Madrid de 1868 de José Ignacio Pozuelo González.