A la altura de 1936, la Biblioteca Nacional albergaba el Museo Arqueológico y el Museo de Arte Moderno. Sería el escritor José Bergamín quien tuviera la idea de crear un organismo encargado de proteger el patrimonio artístico de Madrid de los bombardeos y saqueos que estaba sufriendo la ciudad. Aquella nueva entidad se llamaría Junta de Incautación y Protección del Patrimonio Artístico. Su sede se fijó inicialmente en el despacho de Gutiérrez Abascal, director del Museo de Arte Moderno.
Los ataques aéreos habían dañado la cubierta del Paseo del Prado, el Palacio de Liria y más edificios representativos de la ciudad. De ahí que este nuevo organismo naciera con la pretensión de conservar, en nombre del Estado, todas las obras artísticas, muebles e inmuebles de interés artístico, histórico o bibliográfico.
Una parte de ese patrimonio cultural se instaló en el Convento de las Descalzas Reales y en la Iglesia de San Francisco el Grande. La Junta de Incautación y Protección del Patrimonio Artístico también se encargó del traslado de los mejores cuadros del Museo del Prado a Ginebra, en los últimos meses de la guerra.
En aquella última misión intervinieron personajes reconocidos de la cultura de nuestro país, como el pintor Tomoteo Pérez Rubio, esposo de la escritora Rosa Chacel, los funcionarios de la Administració y María Teresa León (esposa de Rafael Alberti).
Más información en Madrid 1936/1939. Una guía de la capital en guerra, de Fernando Cohnen